第二点，统一的指挥体系尚未完全形成。在中央层面突发事件应急管理原则，《突发事件应对法》第八条仅提及国务院“可根据实际情况，设立国家级突发事件应急指挥部”，然而并未对指挥部的成员构成作出具体规定。2018年机构改革之后，成立了应急管理部。虽然从名义上看，它负责的是国家应对特别重大灾害的指挥部工作，然而，由于职责界定较为狭窄，它只能对自然灾害和事故灾难进行应急指挥。而《突发事件应对法》中规定的其他两类突发事件的应急指挥，并不包含在其职责范围内。从地方政府的视角来看，《突发事件应对法》在总则部分明确要求县级以上各级地方政府设立专门的应急指挥机构，并授予其“统一领导”和“综合协调”的应急指挥职责，然而在具体分则中，却将实际的应急指挥权限交给了地方政府，涉及风险评估的开展、预警期的宣布以及应急处置措施的实施等方面，这导致了法律条文在前后内容上存在不一致的矛盾之处。通常认为，总则中的规定是普遍适用于各个分则的通用规则，即它们是一般性条款；然而，分则中的条款，比如应急处置措施制度，仅限于第四章“应急处置与救援”中应用，属于特定性条款。依据特别规则优先于一般规则的原则，这些特定性条款应当优先适用。这样一来，总则中精心构建的应急指挥体系实际上被置之不理了。自2003年“非典”疫情爆发以来，众多地区强化了应急管理体系的建设，县级以上政府普遍设立了常规化的应急指挥中心。然而，这些机构普遍存在一个共性问题，即《突发事件应对法》并未明确赋予它们应有的应急指挥权限。此外，应急指挥机构需具备处理复杂、衍生及非典型突发事件的技能，需能快速汇聚各类资源，并融合跨部门、跨领域的知识与专业技术，实现高效协同运作。在军队与地方各自独立的情况下，要实现战时军地联合指挥突发事件应急管理原则，必须依靠党在全局范围内统筹协调的核心领导地位，然而，按照现行的法律体系，党委在应急指挥体系中的职责长期模糊不清，这不仅妨碍了应急指挥的集中统一领导，也与当前党政关系的角色设定不符。
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